1944'de İspanya iç savaşı döneminde asiler, faşist askerlerle dağlarda mücadele etmektedir. Genç ve hayalperest Ofelia hasta ve hamile annesiyle dağlardaki bir asker kampına gider ve üvey babası yüzbaşı Vidal ile tanışır. Vidal sert ve acımasız karakteriyle kendi askerleri arasında bile korkuyla anılan biridir ve umurunda olan tek şey Ofelia'nın annesinin karnındaki 'oğlu'dur. Gece olduğunda herkes yattıktan sonra bir peri gören Ofelia onu takip etmeye başlar. Ormandaki bir labirentin ortasındaki gizli bir odaya kadar periyi izleyen küçük kız orada bir "Faun"la karşılaşır. Faun Ofelia'ya, onun aslında yıllar önce dünyayı, güneşi ve gökyüzünü merak ettiği için yeraltındaki krallığını terk eden bir prenses olduğunu söyler. Babasının onu beklediğini ama geri dönebilmek için üç zorlu görevi yerine getirmesi gerektiğini anlatır. Karanlık, acımasız ve zorlu bir dünyada, savaşın içinde kendi sihirli dünyasında yaşayan Ofelia ona verilen görevleri yerine getirip babasına ve krallığına yeniden dönmeye çalışır. Karanlık ve tuhaf bir peri masalı...